2012. december 1-jei hatállyal új szabály került beiktatásra a Kutatási és Technológiai Innovációs alapról szóló 2003. évi XC. törvénybe. A rendelkezés értelmében minden innovációs járulékfizetésre kötelezett adózót – első ízben a 2012-ben kezdődő üzleti évre vonatkozóan – feltöltési kötelezettség terhel, azaz az adóévre már bevallott járulékelőleget az adóévi várható fizetendő járulék összegére ki kell egészítenie. A járulék-kiegészítésre kötelezett az előleg-kiegészítésről az adóév utolsó hónapjának 20. napjáig (naptári éves adózóknál 2012. december 20-ig) bevallást nyújt be és ezzel egyidejűleg tesz eleget fizetési kötelezettségének. A 2012-es adóévben az innovációs járulék feltöltési kötelezettséget a 1201. számú nyomtatvány 01-es lapjának 17. sorában kell bevallani.
A feltöltési kötelezettség bevezetésére tekintettel módosul az utolsó negyedéves járulékelőleg fizetés időpontja is, ugyanis azt az előleg-kiegészítési kötelezettséggel egyidejűleg kell teljesíteni. Ez a naptári éves adózók esetében azt jelenti, hogy az utolsó negyedéves járulékelőleget nem 2013. január 20-áig, hanem 2012. december 20-ig kell megfizetni.